宏基因组测序(宏基因组测序和高通量测序的区别)

宏基因组基础知识

它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因， 目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。

宏基因组分箱（Binning）是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种分开归类的过程。

宏基因组测序是高通量测序的服务项目中的一种，就是对环境样本中提取的总DNA直接进行测序，可以采用454或者Hiseq 2000 测序平台进行测序。

谁知道宏基因组三代测序的优缺点?

缺点是测序成本高、通量低，使得de novo测序、转录组测序等应用难以普及。二代测序优点是相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间，将一个人类基因组从3年降为1周以内。

但是三代仍然不是完美的技术，其测序错误率相对于一代和二代还是高了很多，另外通量还是远低于二代测序，导致成本也是数倍于二代测序。

优势：二代测序相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间，将一个人类基因组从3年降为1周以内。

第三代测序技术发明人：Stephen W Turner1 & Jonas Korlach1博士。

PacBio SMRT存在的问题 基于之前的测序经验，PacBio SMRT技术，包括不同的模式，对于昆虫和虾蟹这些节肢动物会出现断测现象，就是提早终止测序，导致数据量不足。

16S测序和宏基因组测序有什么区别?

宏基因组测序又能做什么分析呢，首先16s能做的宏基因组都能做，有些还能做的更好，比如宏基因组就可以准确的在种水平上进行相应的注释。

S测序原理16SrDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度保守性。

S测序相比宏基因组测序来说，价格更加便宜。

读长长，拼接效果比较好，但是费用比较高；Hiseq2000 读长较短，但是通量非常高，费用比较低。你可以根据自己的科研目的和经费进行选择。

微生物组数据是通过16SrRNA基因测序和宏基因组测序产生的。生物信息学工具包括QIIME和MOTHUR。例如，在对原始序列进行预处理之后，有两种方式可用于生成可分析的微生物组数据。

二代测序和宏基因组的区别在于：二代测序是宏基因组学研究的主要测序方法。以典型的二代测序平台Illumina为例，其测序原理是基于桥式聚合酶链式反应（PCR）的边合成边测序，特点是读长短、准确性高。

如何从宏基因组序列中预测出特定的基因序列

1、把你的参考基因多下载一些不同的，然后随便揪个mapping软件跑跑不就好了？另一个技术路线是：先组装，然后再预测cds，然后注释cds。好处是组装了之后数据量会少非常多，坏处是组装得未必对。

2、方法3：利用ESTs预测基因 Expressed Sequence Tags (ESTs) 代表基因序列，若DNA序列和 EST严格匹配，这段DNA序列属于基因或假基因。

3、如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列，在基因名称检索界面输入就好。

4、如果在txt或者word里面，直接把目标序列的一部分输入到搜索功能里，就可以去找了。根据找到的位置，再确认一下前后的序列是否正确，确认无误了则把基因组内的序列编码记下来，尤其是起始和结束的位点，就可以了。

5、一：先要知道你要的是什么基因，也就是什么部位的，如线粒体里的等等 二：调取近缘种相关基因的序列。三：在NCBI里做一个BLAST。四：选取所要基因的保守序列。

6、换言之，非全长的可变区序列覆盖范围不够导致无法鉴定到种。宏基因组在建库之前会先将基因组DNA随机打断成若干小片段，而这些小片段中总有一些能够包含区分2个物种的基因差异序列。

宏基因组测序对样品的生物学重复有什么要求?

基因组草图是存在Gap 的，基因组完成图对整个基因组进行了Gap Closing，得到基因组完成图。

② 对于细胞样品，生物学重复之间的差异性相对较小，建议3个以上生物学重复； ③ 对于临床样品，由于供试者的基因型、生活方式、生活环境、年龄、性别可能存在较大差异，可能需要更多的生物学重复，一般10个生物学重复以上[4]。

排除生物学意义，从统计学的角度来说，不同的统计方法，对生物学重复的个数的要求并不相同。如果使用T检验，你应该设置尽可能多的生物学重复，建议至少3个重复。当然T检验的方法，在RNA-seq的差异分析里不是很合理。

可以。宏基因组测序需要测多个重复来保证数据的准确性和可靠性，以排除DNA样本制备、测序和分析过程中的偶然误差和偏差，因此3次重复是可行的。

但这种方式需要较大样本量，一般至少要50个样本以上，且至少要有2个组能呈现丰度变化 ( 即不同的处理、不同的时间、疾病和健康、或者不同的采样地点等 ) ，每个组内的生物学重复也要尽量的多。

它以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象， 以功能基因筛选和测序分析为研究手段， 以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的。

二代测序和宏基因组的区别

1、因此，二代测序具有通量高、读长短的特点。二代测序适合扩增子测序（例如16S、18S、ITS的可变区），而基因组、宏基因组DNA则需要使用鸟枪法（Shotgun method）打断成小片段，测序完毕后再使用生物信息学方法进行拼接。

2、宏基因组是研究所有微生物，病毒占比很少，在宏基因组中研究病毒组就像是大海捞针。宏病毒组的方法就像是用吸铁石，把宏基因组中病毒组部分吸出来，只看病毒就能避免宿主、细菌序列的影响。

3、二代测序技术的核心思想是边合成边测序，可以一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，所以又被称深度测序。

4、由于人体各个部分的微环境不同，因此不同部位的病毒组均存在差异。其次，年龄、饮食习惯以及宏基因组中的其他组分等因素也会影响病毒组的组分构成。